Die Bezeichnung St. Thomas Kapelle wird erstmals 1449 gebraucht – im Zusammenhang mit der Abgabepflicht der Mittelmühle.
Das 16. Jahrhundert sah Neuhof als aufstrebendes regionales Zentrum. Die baufällige Kapelle des Ortes wurde mit Steinen der Zennhauser Kapelle renoviert und 1613 eingeweiht. 1621 wurde die Filialkirche Neuhof aus der Abhängigkeit der Trautskirchener Pfarrei gelöst und der Ort erhielt einen eigenen Pfarrer. 1697 ereignete sich ein verheerender Kirchenbrand bei dem Glocken und Uhr schmolzen. Der Wiederaufbau wurde bereits 1698 vollendet. Weitere Umbauten und Erweiterungen erfolgten 1729/30; 1771, 1911 und 1964 bis 1966.
Am 28. Mai 1697 ereignete sich einverheerender Brand (ausgebrochen in der benachbarten Brauerei) bei dem die 4 Glocken und die Uhr schmelzen.Der Wiederaufbau wurde bereits 1698 vollendet. Trotzdem auch hier die staatlichen Institutionen die Kosten hätte tragen müssen (wegen der übernommenen ansehnlichen Klostergüter) wurden die Arbeiten durch eine Haus zu Haus Kollekte finanziert.
1888 wurde eine neue Orgel an einem neuen Standort auf der 2. Empore errichtet.
1964/66 Restaurierung und Umgestaltung der Kirche im Markgrafenstil: Rücknahme einiger Veränderungen aus dem Jahr 1911, so z.B. Aufgang zur Kanzel in der Sakristei (jetzt hinter der Altarwand), Tür und Aufgang zur 1. Empore an der Südwestecke; Altar und Kanzel wurden mit erneuerter Bemalung (Kirchenmaler Ehemann, Nürnberg) vor einer Holzwand mit den beiden Vollfiguren neu arrangiert. Die Queremporen wurden verkürzt. Das wurmstichige Gestühl und der ausgetretene Steinboden mußten ersetzt werden. Auf den Mittelgang unten wurde verzichtet zugunsten einer Anordnung der neuen Bänke im Block. Nach längerer Diskussion um das geeignetste System wurde auch eine elektrische Bankheizung eingebaut. Durch die Entfernung der Holzverzierungen, insbesondere der beiderseits der Kanzel befindlichen Herrenstände ergab sich ein eher nüchterner Eindruck des Kircheninnern. Leider fiel der Renovierung gleich zu Anfang auch die Steinmeyer-Orgel zum Opfer.